法轮寺建于唐贞观十三年（639年）。根据史料记载，唐太宗李世民下诏，让仁智禅师在崆峒山上建造一所寺院，称为“明慧禅院”。仁智禅师因此被视为崆峒开山祖师。唐武宗灭佛时，寺院遭遇第一次劫难。宋朝时，寺院规模稍有扩大，并更名为“真乘寺”。仁宗时还封寺院僧人为“志护大师”。明朝时寺院发展到鼎盛时期，神宗曾赐予匾额，寺院更名为“十方院”，又称“舒化寺”、“塔院寺”等。明末，寺院走向衰落，清朝后法轮寺昔日的辉煌不在，所存殿堂亦是满目疮痍。1992年，法轮寺被重新修葺。

如今的法轮寺主要殿堂有：天王殿、大雄宝殿、玉佛殿、地藏殿、韦驮殿、伽蓝殿等。寺内最为珍贵的是建造于唐朝的凌云塔。塔高九丈六，为七级八角全砖结构，塔内供奉着八十八尊佛像，代表着八十八佛名号，佛像庄严殊胜。