一次，慧思所居的庵舍被人烧毁了，烧房的人马上得了大病，于是来向慧思忏悔，并给他重新盖了草房。不久，病就好了。

慧思又梦见数百天竺僧人，穿着奇异的服装，其中一个上座的高僧说：“你虽然受了戒，但僧仪不好，这样怎么能進入正道呢？遇到行为清贞的僧人，你一定要向他们学习。”从此之后，慧思先后以四十二个僧人为师，受羯磨法具足戒后，忽然惊悟，原来一切都是梦中安排的。

慧思再次梦见了弥勒佛为其说法，后又梦见跟随弥勒佛等在法华相会。他自言自语说：“我在释迦末法时期受持法华，现在又蒙佛如此引导，确实是三生有幸。”慧思由此更加精進修炼，各种灵瑞之象也不断出现。比如，他瓶子中的水常常是满的，各种供养齐备，好象有天上的童子在左右伺候。

后来，慧思自大苏山带着四十余名僧人来到南岳。到了南岳后他对弟子们说：“我要在此山修炼十载，十年后必事远游。”又说：“陟岭有一处林泉胜异，曾经有一座古寺，我前生就是居住在那里的。”众人掘地果然得到僧用器皿，发现了殿宇基址。慧思又指着两处石下的遗迹说：“我过去在这里打坐时，被贼人所杀。现在我再次转世为僧。”于是在这里建了一座塔，名为“三生塔”。

慧思在南岳东畔灵岩之边建了讲法台，为众生说法。南北学徒来听的人非常多。慧思担心众人没有水喝，就用锡杖在湿润的岩下挖掘，果然得到一眼泉水。后有两只老虎引导着慧思登上山岭，二虎刨地而哮，瞬时泉水流迸，就是今天的“虎跑泉”。

因为慧思的名气越来越大，有一个道士因为嫉妒而生害人之心。道士密告陈国的皇帝，说慧思是受齐国的指使，前来兴妖破坏的。陈国的皇帝就派使者前去探察。使者跟随慧思来到石桥，就见二虎咆哮着、大蛇盘旋着挡住去路，使者惊惧而发誓说：“我见禅师应当象见到佛一样，若起恶心任汝所伤。”虎蛇乃退。使者见到了慧思告知了实情。在使者未到之前，慧思见一小蜂来螫自己的脸，但很快被大蜂咬死。慧思入定后知道是宿怨之人想要加害自己。于是，他对使者说：“你先回去，我随后就到。”

七日后，慧思乘着锡杖来到京都拜见陈国皇帝。陈国皇帝非常惊异，他问左右：“卿等见此僧，何如人？”有人说：“常僧。”皇帝回答说：“朕见其踏宝花乘空而至。”于是将慧思迎到宫中供养，并将告密的道士送给他役使。不久，告密的道士和诬陷者一人暴死，一人被狗咬死。

慧思还有许多神异难测之事，比如遇雨，鞋不湿也不沾泥。

在京都呆了一段时间后，慧思请求归山。回山后，他更加莫测高深，或现形大小，或寂尔藏身，瑞象不断。

慧思在山上住满十年后，准备离去。在离去前，他连日说法，苦切呵责，听者无不动颜。这一年六月二十二日，慧思停念止息，准备离去。小僧灵辨不禁号啕大哭。慧思睁开眼睛说：“众圣正在迎接我，快乐无比。你为什么要惊动我？赶快出去。”说罢就离去了。此时异香满室。

（《神僧传》卷四）