1113年，净元所在的村子遭遇了特大海难，方圆一百多里的海岸崩塌，近海的村落全部没入水中。这突如其来的天灾，让老百姓们终日惶惶不安。朝廷一面派人修筑堤坝，一面派道士来做法，但海水并没有停止入侵，百姓们只得不断的后退。

此时的净元待在寺中，闭门不出，对外面的灾难置若罔闻。而大家也似乎早已忘记了他的存在。

就这样过了一年又一年。二十年后，也就是1133年，净元突然对众人说：“我本是释迦文佛，历劫以来，救护一切有情无情，捐身弃命，从不顾惜。现在我又怎能因为爱惜自己，坐视众生受苦而不去救护呢？”众人听了，都愣住了。一方面，虽然灾难不断迫近，但因为时间很长了，人们都有些麻木了；另一方面，他们非常不解净元：既然要救护，为什么不在二十年前，而要拖到今天？再说，净元又有什么法术呢？

净元似乎明白大家的意思，他一言不发的向灾难最为严重的海岸走去，众人相随而去。来到岸边，净元双手合十，口念经文，慢慢向更近的海岸走去。众人看岸边凶险，纷纷劝阻他。净元说：“列位不用担心，二十年来我一直思虑解决海难的办法，今日此地劫数已尽，该我来收场了。”

来到岸边的净元，突然跃入海水中。众人惊呼不已。然而，不一会儿，风小了，海浪也平静了许多。又过了一会儿，风平浪静。众人这才见识到了净元的法力。正在人们默默为净元祈祷的时候，人们突然看见净元端坐在海面上，顺流而来。众人纷纷跑到岸边接其上岸，又惊讶的发现净元的衣服是干的。回视水中，有数条大鲤鱼正在张望，许久才消失。净元笑着对众人说：“从此此地再无海难了。不久要刮来大风，吹来沙土，将淹没的地方填上。”

从此后，当地的百姓尊净元为圣僧，远近人等皆来学习佛法。

1135年四月八日，海难平息后两年的佛诞日，净元在做完法事后，圆寂了。