春秋末年，吴王夫差北上争霸，于公元前486年筑邗城（今扬州市），开通邦沟。最初南端自长江引水北流，向北绕经一系列湖泊，以较短的人工渠道相连接，航道弯曲，到末日入淮河。东晋南北朝时，由于自然条件的变化，江水已不能引入运河，于上游开支河从今仪征引江水通航，并在运河口建堰埭、水门节水，河上亦建有多处堰埭。隋代两次重开此河，成为南北大运河中的重要一段。唐代，长江中的沙洲扩大，并与北岸相连。

开元二十二年（734），在扬子镇以南接开伊娄河，经瓜洲入江。从此，瓜洲运口与仪征运口井用。北宋，在邓沟上建有数十处闸、坝、涵、达等建筑物，并且出现了世界上最早的船闸─复闸。元代开京杭运河，邗沟成为其中的一段，南口在瓜洲和仪征，北口仍在淮安北。