同治二年(1863年)，苏南、浙北瘟疫传染仍未停止。至这年的六月，上海疫疾流行，死亡的人数超过二万余人。常熟在六七月间，瘟疫传染又出现一个高潮，染病死亡的人数众多。吴江地区又死了很多人，出殡时连抬棺材的人也找不到，直到八月初，染病人数才有所下降，人们陆续恢复往日的正常生活，市面上开始三三两两的出现小商小贩，外逃的居民渐渐回到原籍。浙北海宁夏季长时间不下雨，颗粒无收，米价居高不下，斗米卖到千钱，饿死人的事情时有所闻。紧跟着吊脚痧流行，死伤无数。秀水的濮院镇由于大潮冲坏了海塘，海水倒灌，内河水都带咸味。至七月，喝过河水的人开始觉得肚腹胀痛，出现呕吐腹泻，是典型的霍乱症状。八月，霍乱传播出现高峰，从肚腹胀痛开始，得病后一般不到一周就不治身亡。霍乱来势猛，传播快，濮院镇每天得病死亡的达到数十人。周围其它城镇吃过咸水者，也有许多人得了霍乱而去世。这种疫病也在部队中传播。其时左宗棠被授为闽浙总督饼浙江巡抚后，指挥蒋益澧部清军進攻富阳的太平军。清军仅万余人，得病众多，左宗棠自己也得了疟疾。

同治二年夏天，湖南的嘉禾、永绥等地都有大疫流行。陕西瘟疫也在全省范围内流传开来。七月，从四川攻人陕西的李永和、蓝大顺起义军联合太平军包围了汉中。汉中的知府、道员染上疫病先后病死。被包围时间一久，城内缺粮少衣，疾疫流传，每天死亡士兵有千余人。不久，潼关地区也流传起瘟疫来，守关的士兵一大半染病身亡。时人余澍畴《秦陇回务纪略》中对陕西的疫情严重性作了详细的记述。他说：“自夏徂秋，疫疠大作，死亡甚多，至有全家无一生者。”“无沧富贵贫贱，半死刀兵，半死疫疠，通省皆然。”

同治三年(1864年)，清军和太平军在苏浙战场進行最后决战。随着太平军的撤退及清军的到来，苏南、浙北地区疫病再起。这年四月，太平军从常熟撤出后，疫病四起，当地的医生一天忙到夜的替人治病。常熟的西南地区，疫病肆虐最为严重，死的人最多。至六月中旬以后，常熟地区的发病数才开始降下来。清军通过激烈的战斗攻克了南京，南京城已是残破不堪，卫生设施破坏殆尽，因此清军一驻扎下来，军营中疾疫又流传开来。这年四月，由于在浙江战线全面失利，太平军从湖州撤出。六月，湖州出现高温天气，疫病流传开来，每天死亡人数超过百人。由于战争烧掠了家园，出现了很多难民，一些慈善机构在南栅设施粥局，每天接受施舍的人数以千计，这些难民中每天得病而死的仍有五六十人。疫病一直持续了相当长一段时间，死亡的难民与日俱增。

南方其它地区同治三年的疫病也带来了比较严重的灾害。如清朝在福建的驻军，每天染疫而死的数以百计。云南回民起义，清政府派兵前去镇压，但实际上战死的比因疫而死的人数要少得多。这年七月，扛川县疫疠盛行，但县堀内疫病死亡的就达五百余人。夏秋之交，贵州遵义爆发大疫病，疫病传播速度既快，范围又广，城内外百姓有许多全家都染病卧床的，有一家死存仅二三口的，更有一个家族全部死绝的，农村的疫病似较城内为害更大。至秋季，疫病再次出现高峰，这次发生的主要是疟疾，农民如果下田收割水稻，马上会染上疟疾，不久就扑倒在田里，每二十个病人中有五六个必死无疑。因此人人惊恐，不知如何措置，眼睁睁的看着稻谷成熟而不敢下田去收割。成熟的稻谷无法收割，留在田里发芽霉烂。遵义地区次年即发生重大饥荒，米价日涨。清江厅这年秋天也发生了瘟疫，由于病死的人实在太多，到处都是新埋尸体的坟堆，所以很多人背井离乡，流亡他处。一些人得瘟疫死后，买不到棺材，只能随地一埋，没死的青年男女为生活所迫，被卖给富家当奴仆。

同治初年的灾疫，是以霍乱(吊脚痧、转筋痧)这种烈性急性传染病流行为主，以细菌性痢疾等胃肠道和其他多种传染病掺杂在内的特大全国性、综合性瘟疫流行，死亡人数估计超过百万，尤以同治元年的灾疫危害最深，范围最广，以战争激烈的安徽、扛苏、浙江三地受灾最为严重，江苏、浙江三年都有疫病在流传，证明疫病从未停息过。这三年疫病危害的程度和流传的频繁在中国历史上是不多见的。

(参考资料：《三千年疫情》)